Absolwenci Akademii, łączeni są w trzyosobowe grupy, których skład dobierany jest na podstawie indywidualnych umiejętności jej członków tak, aby ich zdolności się uzupełniały. Na tej zasadzie Naruto Uzumaki, najgorszy uczeń, trafia do jednej grupy wraz z Sasuke Uchihą, najlepszym studentem na roku, oraz Sakurą Haruno, która doskonale zna podstawy teoretyczne i wyśmienicie kontroluje czakrę, ale dysponuje niewielką jej ilością.
Innymi przykładami są drużyna Kurenai, specjalizująca się w tropieniu i przetrwaniu w trudnych warunkach oraz drużyna Gaia Maito – drużyna typowo ofensywna. Wspierane są również sprawdzone wzorce: członkowie drużyny Asumy są dziećmi jōninów, którzy tworzyli drużynę w poprzednim pokoleniu.
Utworzone w ten sposób drużyny przekazywane są pod opiekę jōninowi, który może przeprowadzić dodatkowy sprawdzian umiejętności członków grupy.
Zadaniem drużyn geninów jest wykonywanie misji, za które osada otrzymuje zapłatę. Przydzielane są im misje ocierające się o obowiązki domowe oznaczane kategorią D, lub misje kategorii C, które zawierają elementy typowych zadań shinobi. Przewodzący ich wykonaniu jōnin ma sposobność kontynuowania szkolenia poszczególnych członków drużyny, jak i całej grupy.